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domingo, 19 de febrero de 2017

2^31-1, lo mismo que 2147483647

Hoy buscábamos crear un vector tan grande como para colapsar a R. Es decir para sobrepasar el límite de memoria que R puede darse el lujo de alocar. Debía ser, según cálculos a los que no recuerdo cómo me caminó E, algo al rededor de ~ 2*10^9. La sección de Memory limits en la ayuda de R nos lo comprobó minutos después

2^31-1, lo mismo que 2147483647, llegó a escena porque es aproximadamente igual a
2*10^9 y porque noté que lo mencionaban específicamente en varios artículos sobre la memoria límite, como este. 2^31-1, para ser exactos, y no 2*10^9. ¿Por qué? La curiosidad me llevó a googlear tal número. Descubrí que hasta entrada de Wikipedia tiene, lo cual ya es ser nombre propio.

En Wikipedia, leanlo ustedes mismos pero resumido a continuación, aprendí que se trata del octavo Número primo de Mersenne.Y del valor máximo que un entero puede tener en las computadoras de 32 bits. Es decir las computadoras convencionales saben contar sólo hasta 2147483647. Por eso este número es el valor máximo de variables integrales en muchos lenguajes de programación (como R) y la puntuación máxima para muchos videojuegos. Por eso 2147483647 también es el máximo número de segundos que pueden contarse desde que inició el tiempo Unix (medianoche UTC del 1 de enero de 1970) hasta las 03:14:07 UTC del martes 19 de enero de 2038 (que corresponde a 2147483647 segundos desde el inicio de tiempo Unix).

2147483647 también es importante para las ciencias de la vida porque puede haber genomas más grandes que 2147483647 pares de bases. Esto quiere decir que la secuencia de tales genomas no pueden ser analizadas así como así. O por lo menos no sin que biólogos y científicos de la computación hubieran enfrentado el problema. Afortunadamente para algunas aplicaciones ya se ha hecho, y en otras hay trucos para darle la vuelta. Por eso 2^31-1 sonaba una campanita profunda en mi memoria. En algún lugar lo había leído y hoy aprovechamos conocernos mejor.

sábado, 4 de febrero de 2017

Historia de la araña Inés

Inés es, o fue (aún guardo esperanzas) una araña de la especie Steatoda albomaculata. La identificación la hice según la guía de Arañas y alacranas de la Ciudad de México y sus alrededores, de naturalista. Nunca logré tomarle una foto decente. Los mejores ángulos los tuve mientras me bañaba, pues Inés tuvo a bien hacer su telaraña en una esquina de mi regadera. Cuando las gotas del vapor de agua se condensaban en su telaraña ella (o el) salía a beber. Eran como copas de cristal para las finísimas patas de Inés, que se las llevaba a la boca mientras yo, enjabonada, la observaba con deleite.

Inés llegó a la regadera en marzo del año pasado. Mudó dos veces de exoesqueleto. A ratos se escondía en una grieta de la pared, unos días máximo. Por lo general se las arreglaba con los bichos que entran por la ventana, pero también le llevábamos hormigas (mejor no permitir exploradoras en la cocina). Hay otras como Inés en nuestro departamento, pero esa esquina de la regadera es particularmente fácil de monitorear, y una no puede evitar tener una relación más íntima con un ser que te acompaña mientras te bañas.

Tiene varias semanas que no vemos a Inés. Oscilo entre darla por muerta y pensar que quizá esté hibernando. Sé que algunas arañas sí lo hacen, no tengo idea de si esta especie también. La primavera dirá.


Escribo hoy sobre Inés porque me debatía si limpiar o no su telaraña. Al final pensé que la única telaraña que debería decidirme a quitar son las que acumula este pobre blog. Ha pasado mucho que contar. Me disculpo por el silencio, pero a veces la mente sólo tiene ánimo para sobrevivir la vorágine diaria, y una cae en la mala costumbre de no escribir. Se me va notando el propósito de año nuevo que según yo no iba a caer en el lugar común de admitir.



miércoles, 20 de julio de 2016

Autocrítica

Mi abuela paterna era estricta y perfeccionista en la cocina. Nunca logré satisfacer sus estándares a la hora de batir un huevo. De joven me alejé de la cocina por esa y varias otras razones, pero creo que salieron a relucir sus alelos cuando mi doctorado dependía de seguir y mejorar recetas de laboratorio.  Incluso llegué a pensar que mi abuela estaría orgullosa si viera mis sistemas para prevenir equivocaciones y la pulcritud metodológica con la que llegué a realizar el más simple de los PCRs. Ella hubiera sido excelente en el laboratorio. Aunque quizá no me hubiera gustado tenerla supervisando. No dudo que en realidad hubiera encontrado fallas en el trabajo del cual oraciones arriba dije se sentiría orgullosa. De niña chocaba mucho con esta incesante fuente de correcciones, pero ahora me imagino que tanta crítica quizá empezaba con una gran autocrítica propia. Y en eso de la autocrítica resultó que mi abuela y yo nos parecemos también.

Desde hace rato que estoy bajo una lupa propia que parece nunca estar satisfecha con mi quehacer científico. A veces siento que tanta autocrítica es injusta y me pregunto si no habré caído en la anorexia académica que se extiende epidémica por la salud mental de los científicos. Otras veces creo que mi autocrítica tiene razón de ser, que nunca hay que dejar de apretarse las pilas, y más aún cuando se aflojan. Me muevo entre las dos posturas como un oscilador armónico y entre tanto la verdad es que soy feliz. Quizá sea que la autocrítica es parte de mi personalidad como lo fue de la de mi abuela. No se me quitaría si dejara de ser investigadora. Y ya, así somos algunas pues.